單細胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化平臺 目前， 8種空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，這些數(shù)據(jù)來自5個物種，包括人類、小鼠、果蠅、秀麗隱桿蟲線和斑馬魚。研究團隊針對這些數(shù)據(jù)集進行了整合中統(tǒng)計描述的轉(zhuǎn)錄組技術(shù)研究團隊從論文中提取了每種技術(shù)的簡要說明和示意圖，并研讀了每個數(shù)據(jù)集的原始論文，提取相應(yīng)的元數(shù)據(jù)，包括出版信息、數(shù)據(jù)描述、實驗設(shè)計、樣本和數(shù)據(jù)可用性等。單細胞空間轉(zhuǎn)錄組于數(shù)據(jù)集中來自不同組織、處理方法的樣本或生物技術(shù)復(fù)制品，研究團隊將其手動劃分為305個子數(shù)據(jù)集。所有收集的數(shù)據(jù)集和研究結(jié)果均有文章發(fā)表。可用于可視化和比較空間分辨下的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫提供的空間差異表達基因及豐富的功能注釋，有助于進一步數(shù)據(jù)分析。組織細胞的空間結(jié)構(gòu)提供了一個資源庫，并為了解疾病中的細胞微環(huán)境帶來新的見解。目前，空間轉(zhuǎn)錄組可從獲得，無需注冊或登錄。人類細胞圖譜計劃的主要目標之一是表征所有細胞類型的空間關(guān)系，同時基于表達特征在空間上映射多種細胞類型可能的相互作用?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點為特殊的載玻片。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

用新的角度重新說明下空間信息的價值。當下是存在很多機會的，可以通過計算技術(shù)將空間信息和scRNA-seq結(jié)合起來，再將單細胞映射回空間，這樣構(gòu)建和使用參考圖譜。這個對從原位雜交或不使用以前圖譜重建空間圖譜的計算方法很感興趣。換一種方式說明，novoSpaRc，在沒有參考圖譜的情況下進行“基因表達繪制圖譜”。它基于關(guān)于基因表達如何在組織切片中變化的假設(shè)。vanOudenaarden說，擁有更多關(guān)于組織的數(shù)據(jù)是一筆財富，這筆財富使得了解重要的“骨骼”（生物學(xué)的關(guān)鍵方面）成為“一個更大的難題”。這是一種新的方式，單細胞組學(xué)和空間方法的結(jié)合“確實是一種產(chǎn)生無限可能的方式，當然還需要使用單獨收集的數(shù)據(jù)來確認和驗證發(fā)現(xiàn)。 河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格空間轉(zhuǎn)錄組的組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。

單細胞轉(zhuǎn)錄組RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)的出現(xiàn)促進了現(xiàn)代細胞和分子生物學(xué)的發(fā)展。scRNA-seq可以覆蓋大量RNA-seq數(shù)據(jù)中的細胞子集，并提供每個單細胞的轉(zhuǎn)錄組信息，揭示細胞間的異質(zhì)性。單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，但是當scRNA-seq應(yīng)用于組織時，會丟失至關(guān)重要的空間信息。而單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以同時進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序并記錄組織細胞的空間位置信息，在神經(jīng)科學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、免疫學(xué)等研究領(lǐng)域都有重要應(yīng)用。隨著檢測空間基因表達模式方法的不斷出現(xiàn)，空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)正在迅速積累。由于方法的多樣性和數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜性，該領(lǐng)域尚缺乏一個可方便整合、比較和可視化空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫。為解決這一問題，歐易生物技術(shù)團隊開發(fā)了針對空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)和數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)庫，可供研究人員有效使用已發(fā)布的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和Barcode處理。另外一個軟件Loupe Cell Browser是一個適用于Windows和MacOS的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。

美國腦計劃啟動的 BICCN 項目，該項目將整合不同類型細胞的分子、解剖學(xué)和生理學(xué)特性，創(chuàng)建小鼠腦細胞 3D 參考圖譜，同時也將基于人類和非人類靈長類腦組織樣本，繪制腦細胞參考圖譜 ，其涉及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術(shù)原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重要為特殊的載玻片。10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

scRNA-seq 技術(shù)的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進展，相信在接下來的時間里，單細胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細胞的轉(zhuǎn)錄表達信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息?，F(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，這兩個技術(shù)的存在是天然互補的，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成，完美結(jié)合。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號25幢。公司自成立以來，以質(zhì)量為發(fā)展，讓匠心彌散在每個細節(jié)，公司旗下科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢深受客戶的喜愛。公司從事醫(yī)藥健康多年，有著創(chuàng)新的設(shè)計、強大的技術(shù)，還有一批專業(yè)化的隊伍，確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。歐易生物立足于全國市場，依托強大的研發(fā)實力，融合前沿的技術(shù)理念，飛快響應(yīng)客戶的變化需求。